Eelmise sajandi lõpus hakkas Eesti oma veterinaarsüsteemi kohandama EL-i vastavate õigusnormidega.

Selleks, et ühisel turul loomade ja loomsete saadustega kaubelda, vajas Eesti ka loomsete kõrvalsaaduste kahjutustamise süsteemi. Toonastes lihakombinaatides puudusid võimalused kaasaegsete kahjutustamismeetodite rakendamiseks ning ka erakapital ei olnud valmis investeerimisriski võtma.
1999. a ametisse astunud valitsus ei pidanud otstarbekaks eraldi tehase rahastamist riigieelarvest. Seetõttu koostati põllumajandusminister Ivari Padari juhtimisel kava, mis nägi ette selle ülesande lahendamise eraõiguslikus vormis ja ärilistel alustel. Mõni aeg hiljem (05.06.2001) võttiski peaminister Mart Laari juhitud valitsus vastu otsuse nr 373 „Riigi aktsiaseltsi Loomsete Jäätmete Käitlemise AS asutamine“, mille tulemusena asutati eraõiguslik äriühing, mille eesmärgiks on koguda ja kahjutustada, s.h töödelda loomseid ja muid põllumajanduses ning toidukäitluses tekkivaid kõrvalsaadusi ning tööstuslikus tootmises tekkivad tooted realiseerida avatud vabaturul.
Seetõttu on 05.06.2001 ühtlasi AS Vireeni sünnipäev (ehkki ettevõtte esialgne nimetus oli Väike-Maarja loomsete jäätmete töötlemise tehas).

Järgnenud kolme aasta jooksul viidi läbi vajalikud ettevalmistustööd ning loomsete kõrvalsaaduste kahjutustamise tehas ehitati Väike-Maarja valda, Ebavere külla. Tehas käivitus 01.01.2005. a ning ajavahemikul 2005-2011 ettevõtet juhtinud Peeter Maspanovi käe all hakkas tehas toimima ja põhiteenust osutama korralikul ja jätkusuutlikul tasemel.

2011. a senine ärimudel muutus. Kõigepealt loobuti kokkuveoteenuse sisseostmisest ja hangiti uued veokid. Seejärel alustati reoveepuhasti rekonstrueerimisega, mille investeeringu maksumuseks kujunes 2 mln eurot. Peamine panus aga tehti uute teenuste ja toodete väljaarendamisele ning toodanguga (saagistega) kauplemisele. Sellega seoses määras põllumajandusminister Helir-Valdor Seeder 11.01.2011. a ettevõtte uueks ärinimeks AS Vireen.